双标记荧光探针并不一定就是 TaqMan 探针。

1  TaqMan 探针

TaqMan 探针:

TaqMan 探针是一种双标记的水解探针，属于双标记荧光探针的一种类型。它的 5’端携带荧光基团，3’端则携带淬灭基团。在 PCR 反应中，TaqMan 探针与模板特异性结合后，DNA 聚合酶的 5’→3’外切核酸酶活性会将探针切断，使荧光基团与淬灭基团分离，从而产生荧光信号。

TaqMan 探针常用的标记方式是在寡核苷酸链的 5' 端标记荧光报告基团，3' 端标记淬灭基团。以下为详细介绍：

5' 端标记荧光报告基团：

·  常见的有 FAM（6 -羧基荧光素）、VIC 等。FAM 的激发波长约为 495nm，发射波长约为 520nm，荧光信号强且稳定，常用于多种荧光检测技术中。VIC 的光谱特性与 FAM 不同，可在多重 PCR 检测中与 FAM 等其他荧光基团同时使用，实现对多个目标基因的同时检测。

3' 端标记淬灭基团：

·  传统的淬灭基团如 TAMRA（6 - 羧基四甲基罗丹明），其吸收光谱与荧光报告基团的发射光谱有较好的重叠，能有效淬灭荧光报告基团的信号。在 TaqMan 探针中，当探针完整时，由于 5' 端荧光报告基团与 3' 端淬灭基团距离较近，发生荧光共振能量转移（FRET），荧光报告基团发出的荧光被淬灭基团吸收并以热的形式散发，检测不到荧光信号。而在 PCR 扩增过程中，Taq 酶的 5' - 3' 外切酶活性会将结合在模板上的 TaqMan 探针切断，使荧光报告基团与淬灭基团分离，荧光报告基团不再受淬灭基团的影响，从而发出荧光，其荧光信号强度与 PCR 产物的量成正比，可通过荧光检测仪器进行实时监测。

常用组合：5' 端FAM，3' 端TAMRA；激发波长约为 495nm，发射波长约为 520nm；

5' 端VIC，3' 端TAMRA；

    5' 端FAM，3' 端TAMRA；FAM（6 - 羧基荧光素）：激发波长约为 495nm，发射波长约为 520nm，荧光颜色为绿色。在 TaqMan 探针检测中，FAM 标记的探针产生强而稳定的绿色荧光信号，常用于单一目标基因的检测。

    5' 端VIC，3' 端TAMRA；VIC：激发波长约为 538nm，发射波长约为 554nm，荧光颜色为黄色。VIC 的光谱特性与 FAM 不同，常被用于多重 PCR 检测中，可与 FAM 等其他荧光基团同时使用，实现对多个目标基因的同时检测，其黄色荧光信号可与 FAM 的绿色荧光信号明显区分。

     5' 端ROX，3' 端TAMRA；ROX（6 - 羧基 - X - 罗丹明）：激发波长约为 570nm，发射波长约为 590nm，荧光颜色为红色。ROX 通常作为参比荧光用于校正荧光信号的强度，以消除实验过程中由于加样量、反应体积等因素引起的误差，确保检测结果的准确性。在一些 TaqMan 探针试剂盒中，会将 ROX 与 PCR Master Mix 混合，为整个反应提供一个稳定的内参荧光信号。

此外，还有一些改进的淬灭基团，如 Black Hole Quencher（BHQ）系列等，具有更高的淬灭效率和更低的背景荧光，能进一步提高 TaqMan 探针检测的灵敏度和准确性。

然而，除了 TaqMan 探针外，还有其他类型的双标记荧光探针。

2. 分子信标探针:

分子信标探针也是一种双标记荧光探针，它在 TaqMan 探针的基础上进行了改良，在寡核苷酸与基团的连接处各增加了 5 - 6 个互补碱基，形成一个发卡结构，使荧光基团与淬灭基团靠近并淬灭荧光信号。当探针与靶序列结合后，分子信标的空间构型发生改变，荧光分子和猝灭分子之间的距离增大，荧光恢复，从而实现对靶序列的检测。