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技术宝典---引物探针的修饰合成
中间核酸修饰的应用场景

部分核酸探针的应用场景:

 

以下是这些修饰在不同场景中的应用:

 

核酸结构与功能研究:

2 - Aminopurine:常被用于研究核酸的结构和动力学。它可以替代腺嘌呤(A),由于其荧光特性,能够提供关于核酸折叠、碱基配对以及与蛋白质相互作用等方面的信息。

5 - Bromo dU:可替代胸腺嘧啶(T),其较大的溴原子会影响核酸的结构和稳定性,通过引入该修饰,可研究核酸结构变化对其功能的影响。同时,它也是一种常用的细胞增殖标记物,可通过免疫荧光等方法检测掺入该修饰的细胞,从而研究细胞的增殖情况。

8 - OX - dG:是一种氧化损伤的鸟嘌呤类似物,研究其在核酸中的存在和位置,有助于了解氧化应激对 DNA 的损伤机制以及与衰老、疾病(如癌症)等过程的关系。

核酸探针与检测技术:

int 6 - FAM - dTint HEX - dTint ROX - dTint TAMRA - dTint TET - dTint Texas Red - dTint Cy5 - dTint Cy3 - dT:这些带有荧光基团修饰的 dT,常用于核酸探针的制备。如在荧光定量 PCR、荧光原位杂交(FISH)等技术中,通过荧光信号的变化来检测目标核酸的存在、含量及分布情况。不同的荧光基团具有不同的发射波长,可实现多重检测,即在同一反应体系中同时检测多个不同的目标核酸。

int BHQ1 - dTint BHQ2 - dTBHQ 系列是淬灭基团,与荧光基团搭配使用于荧光探针中,如 TaqMan 探针。当探针完整时,荧光基团与淬灭基团距离近,荧光被淬灭;当探针被核酸酶切割或与目标核酸杂交后发生构象变化,使荧光基团与淬灭基团分离,荧光恢复,从而实现对核酸的定量检测。

核酸药物研发:

5 - Aza - 2` - deoxycytidine:是一种 DNA 甲基转移酶抑制剂,可用于治疗一些与 DNA 甲基化异常相关的疾病,如血液系统恶性肿瘤等。它通过掺入到 DNA 中,抑制 DNA 甲基转移酶的活性,从而改变基因的甲基化状态,进而调控基因表达。

Pyrrolo - dC:可能具有独特的碱基配对特性或生物活性,在核酸药物设计中,可作为一种特殊的碱基类似物,用于开发具有新型作用机制的核酸药物,如反义寡核苷酸、小干扰 RNAsiRNA)等,以实现对特定疾病相关基因的靶向调控。

基因表达调控研究:

1 - Me - dA:甲基化修饰的腺嘌呤,可能影响 DNA 与蛋白质的相互作用,进而影响基因的转录调控。研究其在基因组中的分布和功能,有助于揭示基因表达的表观遗传调控机制。

核酸与蛋白质相互作用研究:

int Biotin - dT:生物素可以与链霉亲和素等蛋白质特异性结合,通过在核酸中引入生物素修饰,可利用生物素 - 链霉亲和素系统,将核酸与蛋白质进行特异性捕获或固定,从而研究核酸 - 蛋白质复合物的组成、结构和功能,例如在染色质免疫沉淀(ChIP)技术中用于富集与特定蛋白质结合的 DNA 片段。

int Dig - dT:地高辛修饰的 dT,可通过与地高辛抗体的特异性结合来检测或捕获核酸。常用于核酸杂交实验中,标记核酸探针,然后通过免疫检测方法来定位或定量目标核酸,在基因定位、基因表达分析等研究中具有重要应用。

核酸化学合成与修饰:

C3 SpacerC6 SpacerC12 SpacerSpacer 9Spacer 18dSpacer:这些间隔基团常用于在核酸链中引入一段柔性间隔,以便在不影响核酸基本结构和功能的前提下,连接各种修饰基团或实现特定的空间布局。例如,在合成核酸探针时,利用间隔基团将荧光基团或其他功能基团连接到核酸链上,使基团能够更好地发挥作用,同时避免对核酸杂交等反应产生不利影响。

PC - Linker:可作为一种连接子,用于连接不同的核酸片段或在核酸与其他分子(如蛋白质、药物分子等)之间建立连接,为构建复杂的核酸结构或多功能核酸分子提供了可能。

int NH2 - C6 - dT:氨基修饰的 dT,可用于进一步连接其他带有羧基、醛基等活性基团的分子,通过化学反应实现对核酸的功能化修饰,例如连接荧光染料、生物素等,以满足不同实验需求。

其他应用:

int Dithiolint HS - SH - C6:巯基修饰的 dT,可用于与金属离子或其他含有巯基反应基团的分子发生特异性反应,从而实现对核酸的固定、标记或与其他分子的偶联,在生物传感器、纳米技术等领域有一定应用。

int Methylene Blue - dT:亚甲基蓝修饰的 dT,其具有光吸收和氧化还原特性,可用于光动力学治疗研究或作为核酸结构和功能研究中的光活性探针。

int Azide - dT:叠氮修饰的 dT,可通过点击化学反应与含有炔基的分子发生特异性偶联,为核酸的标记和功能化提供了一种便捷的方法,在化学生物学和药物研发等领域有广泛应用。

int CHCH - dTint DBCO - dT:这类修饰可参与特定的化学反应,如 DBCO(二苯并环辛炔)可与叠氮基团发生无铜点击反应,用于核酸的标记、成像及与其他生物分子的偶联等。

int Symmetric:对称修饰可能是指在核酸链上进行对称位置的修饰,具体作用需根据具体的修饰内容和实验背景来确定,可能与核酸的稳定性、折叠结构以及与其他分子的相互作用等有关。

 

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