基因启动子查询

启动子：RNA聚合酶特异性识别和结合的DNA序列，控制基因表达（转录）的起始时间和表达的程度，启动子是位于结构基因5'端上游的DNA序列，能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA准确的结合并具有转录起始的特异性。以小鼠的nestin基因为例介绍启动子查询

1.打开NCBI网站http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

数据库选择gene,输入nestin mouse搜索如下对话框

选择第一个基因，打开链接，出现如下对话框

链接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/18008

2.在如基因组信息区域选择genebank,会出现该基因的基因组信息，链接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000069.6?from=87971093&to=87980451&report=genbank

出现如下截图

3.将红色箭头设置序列对话框向前设置3000bp,后点击update view按钮

更新后的页面链接

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/372099107?report=fasta&from=87971093&to=87980451

此时的3000bp序列就是小鼠的nestin启动子序列

>gi|372099107:87968094-87971093 Mus musculus strain C57BL/6J chromosome 3, GRCm38.p3 C57BL/6J

TATGTTAGAGCAAATCTCTGGTATACAGATGATTTTTCCATTTTTAAAAGATAAAAGAAGGGGTGGGGGA

GTCTGGGGAGAACGTTCAGAAGTGGCACCTCACGAGGGGAAGGAAAAGAGGGAAGAACAGGTCACCAGCC

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CCACCAGGGGGCTCTCTTGAGAGCCGCGTAACTTCTTCACTAAATGACAAGAGGGATCGAACTTCAAAGG

AGAAAAACTTTCCCTTGCTAGTCTCCTTTTCCTGGTGCGGGGTAGGGTAGGGTAGGACGTCCCTCTGCGG

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ACTGGGGAAGCTATGGCAGGAGCGTCCCTGAGACCTGCCTGATCTACATAGCCATACCAACCATCTGAAG

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GACTTCCCTCAGTACCAGTGGGCTCCTCTTTCTTCGGGCAGTGTTTCTTCGCAATGTTGCCTCTCTTGGG

GGTGAGTATTTACTGTTATACACAAAACACTGCACCGTCCGTTTTTCCAACAGTTCACGAGGTTTCCAAC

ACCAAGCCATTTTATAAATGAGGAGCTGAGTCCTAGAGGATTTGAGTAAGAGTGTAGAGAAAGGAGGTCC

TGGGGCCCAGTTCTGTGCATCTTAGGGTGTTCTGGGCTGTCTGGCTGTATCTCAAGCCTCTTTCGGAAAA

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ATGCAGGGACCCGGGCTGTGTGTTGCACTGAACTCTAAAGGGTTAAGGCCTAGGGACCGCCCCTTTTCCG

CCCGGCCGGCGGGAGTATGAATACCCTCGCTTCAGCTCGCTGCTGGAATCCTCCGCTTCC