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技术宝典—其他
基因启动子查询

 基因启动子查询

启动子:RNA聚合酶特异性识别和结合的DNA序列,控制基因表达(转录)的起始时间和表达的程度,启动子是位于结构基因5'端上游的DNA序列,能活化RNA聚合酶,使之与模板DNA准确的结合并具有转录起始的特异性。以小鼠的nestin基因为例介绍启动子查询

1.打开NCBI网站http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

数据库选择gene,输入nestin mouse搜索如下对话框

选择第一个基因,打开链接,出现如下对话框

链接:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/18008

2.在如基因组信息区域选择genebank,会出现该基因的基因组信息,链接http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000069.6?from=87971093&to=87980451&report=genbank

出现如下截图
        

 

3.将红色箭头设置序列对话框向前设置3000bp,后点击update view按钮

 

         

更新后的页面链接

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/372099107?report=fasta&from=87971093&to=87980451

 

此时的3000bp序列就是小鼠的nestin启动子序列

>gi|372099107:87968094-87971093 Mus musculus strain C57BL/6J chromosome 3, GRCm38.p3 C57BL/6J

TATGTTAGAGCAAATCTCTGGTATACAGATGATTTTTCCATTTTTAAAAGATAAAAGAAGGGGTGGGGGA

GTCTGGGGAGAACGTTCAGAAGTGGCACCTCACGAGGGGAAGGAAAAGAGGGAAGAACAGGTCACCAGCC

TTGGACCTCAGGTGACTGAAGGAGAGAATGTATTTGTTGCCTGTCAGACCTTTGCGTCCTTCAGTGACAC

CCTTGTCCATGTTACTGATCTTTCTGGCAAGGAAACCGTCTGCCGTGTGACTGGCAGGATGAAGGTAAAG

GCTGCCTGAGATGAGTCCTCTCCGTATGCAGCCATGTTGGCTGCCCAGGATGTTGCCCAGAGGTGCAAGG

GGCTGGGCATCACCACCCTGTGTATCAAACTCCGGGCCACAGGAGGAAACAGGACCAAGACCCCAGGACC

TGGAGCCCAGTCAGCCCTCAGAGCTCTGGGATGAGGATTGGGCAGATAGAAGTTGTCATCCCCATCCCCT

CTGACAGCACTGGAAGGAAGAGGGTCATCATGGTTGTCATCTGTGAACAGGACTTCTCAAATTATTTTCT

GTTAATGAATTGCTTTGTGTAAGCTAAAAAAAAAAAAAAAGATGAAAGGAGATTTCCCTGCGAATGGGAA

GGATTGCTTGCTTATTGTTTTTTCGAGACAGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTT

GTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAGATCCACCTGCCTCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGA

TTAAAGGCATGCGCCACCACTGCCTGGCCTGCTTGTTTATGCTTATGTAGAGCTGAATCTTGCCTGAACA

TTTGGTACTTCAGGTCCATGATGGAACACCTTCAACATTTTCAGAATTGATCCATACTTTAATTTAAAAA

AATAGTTTATTGTTATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGGGCGTGTATATCTGTGTGTGG

ATGCATGCAGAGGTCAGAGGCTTTGATGTCCCTGGAGCTGCATGTGGGTGCTGGGAATGGTACTTGAGTC

CTCTGGAAGAGCAGCAAGTGCTTTTGACTACTGAGCGTCTGTCTCTCCAGCCCAGATATCCTGATTTCGT

AACCATCAGTGCTGAGAATGCCAATCTGTATGAACGATTCTGCCCATAGAAGTATGTTTAGGACCATTTC

AGACATTTTTGGAAATTTTGTCCTAATCCCAAGTCAAAATTCACTGAACGATTTATTTATTTATTATATA

TAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCTCATTGCAGATGGTTGTGAGC

CACCGTGTAGTTGCTTGGAATTGAACTGAGGACCTCTGGAAGGGTAGTCAGTGCTCTTAATTACTGAGCA

GTCTTTCCAGCCCCCTATTTTTTTTTTCTTTTAAGGCAGGATCTGACTATGTAATCCTGGGTGGCCCAGA

ACTCATTTGCTATGTAGAGGCTGGCCTCAAACTCAGAGATTGGCTTTATTCTTTCTCTTGCGTGCTGGGG

TTAAAGGGATTAAACTGGCCTCACTGAACAAAGTTTGATGAAACTCATGTCATTGACTCAAACAGCTATT

TTAAAGAATTTAGATTTATTATTGTTCTTCTTATTATTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACAGGTG

CACCATGCCACAGTATGCCATGTGGGAACCAGTCTCTCCTCAGCTCACTATGCGGGTCCTGAACATCACA

GTAGGGAGCATGGCAACAGGCAGGCGGTTATGGCACTGGAACAGCAGCTGAGAGCTCAGGTCTCAATGTA

CAAGCACAAGCCTGCCCCCAGTGACACACCTCCTCCAACAAGGCCATTCCTCCCAATCCTTTTTTTTTTT

TTTTTTTTTTTTTTGGATTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCTCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTG

TAGACCAGGCTGGTCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTTTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGACATG

TGCCACCACTGCCCGGCCCCAATCTTTTTAAACAGGTCCTCCACCTGGGGAGCAAGCATTCAAATATTTG

AGCCTGAAATATTGGTCCCTTGTAGAAAATCTACAGCTTCATTTCTTTCTTCGCCAAACTTCATGCTTAG

CCACCAGGGGGCTCTCTTGAGAGCCGCGTAACTTCTTCACTAAATGACAAGAGGGATCGAACTTCAAAGG

AGAAAAACTTTCCCTTGCTAGTCTCCTTTTCCTGGTGCGGGGTAGGGTAGGGTAGGACGTCCCTCTGCGG

GTACGAACTGGGCATTGTGTCTGCTAACATTAACTGGGCAGGGGTACTGGCACAGGCATTTAATCCCAGC

ACTGGGGAAGCTATGGCAGGAGCGTCCCTGAGACCTGCCTGATCTACATAGCCATACCAACCATCTGAAG

AAAAGGGGTGGTGGTGGTGTTTACTACCCAGGCTGGTGTCAATCCTACTTCAGCCTCCGGAGCACTGGCA

GACTTCCCTCAGTACCAGTGGGCTCCTCTTTCTTCGGGCAGTGTTTCTTCGCAATGTTGCCTCTCTTGGG

GGTGAGTATTTACTGTTATACACAAAACACTGCACCGTCCGTTTTTCCAACAGTTCACGAGGTTTCCAAC

ACCAAGCCATTTTATAAATGAGGAGCTGAGTCCTAGAGGATTTGAGTAAGAGTGTAGAGAAAGGAGGTCC

TGGGGCCCAGTTCTGTGCATCTTAGGGTGTTCTGGGCTGTCTGGCTGTATCTCAAGCCTCTTTCGGAAAA

TCACCCGCACCGGACGGGATCCCCGCCAGGGCGAGGCTACAATTTGATTCTTCTCTGCTGAGCTGGGATG

ATGCAGGGACCCGGGCTGTGTGTTGCACTGAACTCTAAAGGGTTAAGGCCTAGGGACCGCCCCTTTTCCG

CCCGGCCGGCGGGAGTATGAATACCCTCGCTTCAGCTCGCTGCTGGAATCCTCCGCTTCC

 

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