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BioTNT taqman 探针设计
    产品中心    >>  技术服务    >>  引物探针设计、合成、修饰、标记    >>  PCR引物探针定制 关   闭
taqman 探针设计
分类:PCR引物探针定制
品牌:BioTNT
货号:cust-taqman
原价:60
现价:¥50.00    节省:¥10
产品参数

BIOTNT 提供 Taqman 探针的设计和合成服务;

设计和合成费用分开计算。

不提供仅设计服务。

设计费用为一套引物+探针,设计费用为50元,合成费用为如下的情况:

常用:双标记荧光探针5'- FAM,3'- TAMRA JE0001 双标探针 2OD 550
常用:双标记荧光探针5'-ROX,3'- BHQ2 JE0018 双标探针 2OD 550
常用:双标记荧光探针5'- HEX,3' TAMRA JE0005 双标探针 2OD 650

 合成更多OD 请查询:PCR 引物探针合成/修饰和标记。

Taqman 探针设计原则:

总体原则:

* 先选择好探针,然后设计引物使其尽可能的靠近探针。

* 所选序列应该高度特异,尽量选择具有最小二级结构的扩增片段――这是因为二级结构会影响反应效率,而且还会阻碍酶的扩增。建议先进行二级结构检测,如果不能避免二级结构,那么就要相应提高退火温度。

*理想的最好能在100-150bp内,扩增片段越短,有效的扩增反应就越容易获得。较短的扩增片段也容易保证分析的一致性。

* 保持GC含量在20%和80%之间,GC富含区容易产生非特异反应,从而会导致扩增效率的降低,以及出现在荧光染料分析中非特异信号。

* 为了保证效率和重复性,应避免重复的核苷酸序列,尤其是G(不能有4个连续的G

* 将引物和探针互相进行配对检测,以避免二聚体和发卡结构的形成。 

探针设计原则:

* 探针位置尽可能地靠近上游引物

* 探针长度应在15-30bp(最好是20-30bp),以保证结合特异性

* 检测探针的DNA折叠和二级结构

* Tm值在65-70℃,通常比引物TM值高5-10℃(至少要5℃),GC含量在40%70%

* 探针的5’端应避免使用G鸟嘌呤――因为5'G会有淬灭作用,而且即使是被切割下来还会存在淬灭作用。

* 整条探针中,碱基C的含量要明显高于G的含量――G含量高会降低反应效率,这时就应选择配对的另一条链作为探针。

* 为确保引物探针的特异性,最好将设计好的序列在blast中核实一次,如果发现有非特异性互补区,建议重新设计引物探针。 

引物设计原则:

* 序列选取应在基因的保守区段

* 避免引物自身或与引物之间形成4个或4个以上连续配对,避免引物自身形成环状发卡结构;

* 典型的引物1824个核苷长。引物需要足够长,保证序列独特性,并降低序列存在于非目的序列位点的可能性。但是长度大于24核苷的引物并不意味着更高的特异性。较长的序列可能会与错误配对序列杂交,降低了特异性,而且比短序列杂交慢,从而降低了产量。

* Tm值在5565℃(因为60℃核酸外切酶活性最高),GC含量在40%60%;

* 引物之间的TM相差避免超过2℃;

* 引物的3’端避免使用碱基A,引物的3’端避免出现3个或3个以上连续相同的碱基;

* 引物末端(最后5个核苷酸)不能有超过2个的GC。 

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