一、产品介绍：

BioTNT qPCR Array专为检测不同组织或细胞中特定基因的表达量而设计，这些基因按照预制或定制要求成套设置。检测结果所显示的表达差异可帮助研究者鉴定或验证这些基因的生物学意义，以及与其研究的重要相关性。

对于目录(预制)产品，每块384孔板包含84对PCR引物，可以进行4个样本单孔或者两个样本双复的实验。这些引物全部经过预先验证，并包被于指定的板孔中。在同一块96孔板上，有12个(384孔板有48个)反应孔包被了不同类型的对照，用以检测从反转录到qPCR整个过程的反应效率。

逆转录试剂和以荧光染料SYBR?Green 为基础的定量检测试剂作为被推荐的RT-qPCR试剂产品可与qPCR Array配套使用。该系列试剂均经过优化，具有高的灵敏度、效率和特异性。其他公司的类似试剂可能适用，但未验证过，不推荐使用。

产品优势

BioTNT QPCR芯片特点：

灵敏度高，样本使用量低

线性范围广，可同时检测表达水平差异大的基因

每个基因的检测引物优化后保证高扩增率和产物单一

重复性高，Ct值的平均差异只有0.25个循环

覆盖范围广：目录产品包含通路分析、疾病研究；

定制产品可根据客户要求选择设置 
数据分析方便：专用软件方便数据统计与分析

产品说明

The Mouse Molecular Toxicology PathwayFinder   PCR Array profiles the expression of 84 key genes in 13 different biological pathways activated in response to toxic drugs. Profiling the expression of these genes in human cell lines (such as hepatocytes) or organs (especially livers) of mice or rats treated with candidate drugs can help indicate the toxicological responses that they induce. Understanding these mechanisms can then guide chemical modifications to avoid the observed toxic responses rather than completely dismissing a drug class otherwise effective at preventing or treating the target disease phenotype. All of the toxic response pathways represented by this array can be independent or interrelated. For example, inhibition of β-oxidation leads to steatosis, and uncoupling mitochondrial energy metabolism leads to apoptosis and necrosis. Drugs affecting reactive oxygen species metabolism or cellular redox status cause oxidative stress and induce antioxidant responses. These and other reactive drugs also directly damage DNA or inhibit its repair activating DNA damage signaling and DNA repair pathways or apoptosis and necrosis under more extreme conditions of prolonged exposure or excess DNA, cell or tissue damage. Interference with protein synthesis causes endoplasmic reticulum stress and activates the unfolded protein response up-regulating heat shock protein and chaperone gene expression. Increased expression of the cytochrome P450 and other phase I drug metabolism enzymes occur when drugs inhibit or overwhelm their chemical modification activates. More severe and complex phenomena result when drugs inhibit fatty acid and lipid metabolism (β-oxidation) including the lipid storage disorders of steatosis, cholestasis, and phospholipidosis. Toxic responses to drugs in immune system cells bring about immunotoxicity and immunosuppression. Using real-time PCR, research studies can easily and reliably analyze the expression of a focused panel of genes to determine which molecular toxicological response pathways drug candidates activate with this array. Once the pathways have been defined, comprehensive surveys of additional genes in these pathways can be evaluated using other application-specific or custom PCR Arrays. A set of controls also present on each array enables data analysis using the ΔΔCT method of relative quantification and assessment of reverse transcription performance, genomic DNA contamination, and PCR performance.

The   PCR Arrays are intended for molecular biology applications. This product is not intended for the diagnosis, prevention, or treatment of a disease.

二．运输和储存条件：

4度运输。

-20°C储存至少6个月；

三．适用仪器：

lifetechnoliges（原ABI） 7900， Viaa 7 等可使用384微孔板的QPCR 仪器。

也可以定制其他机器形式：

Biotnt 可提供多种与以下qPCR仪器匹配的qPCR array类型。

重要提示：在订购前，请根据您的qPCR仪器型号选购合适的array类型；在收到产品后，请及时确认收到的array是否与您的qPCR仪器匹配。如果您的仪器类型不在下表所列类型中，请及时联系本公司技术支持咨询。

四．质量标准（QC）

1. biotnt gene qPCR array中检测的基因引物，经实验验证结果分析，融解曲线均呈单一锐锋，电泳条带均呈单一条带，说明这些引物均是特异扩增引物，验证合格。

2. PTC（阳性对照）反应孔，从融解曲线上分析均呈单一锐锋，从扩增曲线上分析，CT值介于18～22之间。

3. RTC（spike-in反转录对照）反应孔，从融解曲线上分析均呈单一锐锋，从扩增曲线上分析，CT值介于17～23之间。

4. HGDC 的CT 值应大于35，说明样本中没有基因组污染。

5. RTC和 PTC的三重复CT 值应比较接近，说明实验重复性好。

6. 板与板之间（批内）重复性达0.99以上，具有高度重复性。

五．基因（引物）排布 ：

每一个样本区里的基因排列如下：

& 基因引物：84个反应孔（从A排到G排）已预先交联好特异基因引物（详见基因引物列表）。

& HK1-3：3条已交联的管家基因(内参)引物，可作为array数据标准化过程中样品的阳性对照。

&GDC：基因组DNA对照，可用于qPCR反应体系中是否有基因组DNA污染。

& RTC：spike-in反转录对照，可用于检测RT反应的效率。这些已交联的引物可特异性扩增样品中外源性spike-in RNA反转录形成的cDNA模板。

& PTC：阳性PCR对照，已交联DNA阳性质粒模板，主要用于实时监测array反应板的PCR扩增效率。

基因引物列表

A2020A0105M

PCR Array of Mouse Molecular Toxicology Pathway

1.     任何一台能够做QPCR的仪器据能够做PCRarray吗？

回答：基本上任意一台的QPCR 仪器都可以进行QPCR array的实验。

BioTNT根据仪器采用的96孔或者384孔板，分为以下5种板型（plate format）：

请您在订购时提供您使用的QPCR 仪器，我们也可以为您确定plate format；如果您的仪器不在以上清单上，也可以邮件咨询我们，我们会有专业的技术人员为您确定相应的plate format。

2. BioTNT PCR array的适用在哪里？

回答：适用现有的通路研究；

适用少样本或中等样本，多基因的QPCR 检测；

在低样本或中等样本的情况下，费用和时间远小于自行建立QPCR实验；

使用方便，操作简单，结果稳定性好；

3. BioTNT PCR array的优点是什么？

回答：灵敏度高，样本使用量低；

线性范围广，可同时检测表达水平差异大的基因；

每个基因的检测引物优化后保证高扩增率和产物单一；

重复性高，Ct值的平均差异只有0.25个循环；

覆盖范围广：目录产品包含通路分析、疾病研究；

定制产品可根据客户要求选择设置 ；
数据分析方便：专用软件方便数据统计与分析

4. 从QPCR 得到实验数据后，如何进行后续的结果分析？需要配套的仪器设备吗？

回答： 您可以用这个链接，http://www.biotnt.com/product/PCR-Array.aspx

点击分析工具，然后再点击：分析软件下载下载后进行分析。不需要特殊的分析仪器。

5.   BioTNT 的PCR array，如果自己使用，需要购买哪些配套产品？

回答：您可以用这个链接，http://www.biotnt.com/product/PCR-Array.aspx

点击相关产品；

建议除了您要使用的PCR array 产品之外，您应购买以下产品，对PCR array进行配套使用：

PCR array cDNA第一链合成试剂盒 A2010B0B03  
Real time 染料PCR PreMIX A2010A0112
建议使用高品质的抽提试剂盒，推荐型号为：

Qiagen RNeasy Mini Kit (50) 74104
RNase-Free DNase Set (50)，79254 

6. 如果使用其他公司的抽提试剂盒，如Trizol 法抽提试剂盒，能否使用BioTNT的PCR array产品？

回答：建议抽提时尽量使用高质量的样本，高质量的抽提试剂盒，并在抽提时进行DNA 去除；使用PCR array 产品前，先进行样本质量的验证。能够通过样本质量验证的样本，可以进行PCR array实验。

7. 如何进行PCR array 实验前的样本质量验证？

回答：为了保证PCR array实验的质量，建议在使用前先进行样本质量验证；

RNA 定量与质量控制

A.  使用无菌水(RNase-free)稀释 RNA 样本，检测 260  nm 和 280  nm 吸光值，A260/280 应大于 1.8。

B.  使用公式A260× 40 ×稀释倍数  = XXXXμg/mL 计算 RNA 浓度。

C.  使用琼脂糖凝胶电泳检测 RNA 完整性。

D.  建议：RNA 质量测定后，逆转录得到CDNA，建议用多个内参基因自行验证CDNA 质量；

推荐购买biotnt 的样本质量验证引物套装，可以在进行QPCR 之前对样本进行验证(包含内参引物，如human beta actin， GAPDH,  18sRNA等)

E.  基因组DNA污染控制

每个Array板块上的GDC(Genomic  DNA  Control)反应孔专为检测每个样品进行qPCR反应时可能存在的基因组DNA污染而设置。如果该反应孔的CT值小于35，则表明存在可检测到的基因组DNA污染，应采取措施予以解决。因此，必须从RNA样品中去除基因组和其他全部残余污染物。建议采用Qiagen 柱式抽提过程中加入DNAse去除基因组污染。

建议在进行PCR array 之前购买BioTNT 样本质量验证引物套装或者单独的GDC 引物进行基因组DNA 污染控制的质量验证；验证结果CT 值如果小于35，则表明存在可检测到的基因组DNA污染，应采取措施予以解决。

8. 如何进行样本的调平？

回答：进行PCR array之前，对样本需要进行调平。具体调平方式为：  

1.     RNA 含量调平：实验样本的RNA 尽量调到同一水平；加入RNA 酶free的水，调整RNA浓度；

2.   调平后的样本：通过内参引物进行验证，根据CT 值，进行二次调平。

9. BioTNT PCR array定制费用如何？

回答：目前BioTNT PCR array 提供您的定制，仅比预制产品增加了400元/板的定制费用。您可以把您要检测的指标给我们，然后把您的仪器型号，以及sample 数量，重复数量提供给我们，我们为您设置相应的PCR array 形式，并核算相应的费用给您。

BioTNT PCR array的定制，方式灵活，1 plate起订。

详细请参考：http://www.biotnt.com/product/PCR-Array.aspx，点击定制服务。

10.        如果我没有QPCR 仪器，BioTNT 能够提供什么服务？

回答：您可以选择BioTNT PCR array service。

     详细请参考：http://www.biotnt.com/product/PCR-Array.aspx，点击service。